剧情简介
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。两位艺术家诺娃和艾丽斯被经纪人勉强安排了一次联合巡演。艾丽斯是一位拥有大批观众的知名明星，但她从未创作过自己的歌曲，如今她的明星光芒正在减退。诺娃则是新晋的前卫艺人，事业蒸蒸日上，但台下的生活却一片混乱。两人在音乐上和个人生活上的碰撞不可避免。然而，当巡演大巴驶过瑞典夏季的音乐会场地时，一切都悬而未决，她们不知道这个夏天将彻底改变她们的生活。。在审讯室里展鹏涛向刑警吴明讲诉他如梦境般的经历。夏夜的江边，展鹏涛在岸边练太极拳的老人方子善的劝说下，放弃了投江自杀的念头，却见女孩温小馨先一步跳入江中。展鹏涛与老人将温小馨救上岸，由展鹏涛护送回家。在温小馨居住的小别墅里，温小馨拿出酒与展鹏涛对饮，不知是在酒的迷醉下还是温小馨的引诱下，展鹏涛跟女孩发生了关系。然而早上醒来时，展鹏涛发现温小馨不见了。他四处寻找，却在二楼卧室发现一具男尸，吓得夺门而逃。。